简并引物

简并引物

‌简并引物是一种特殊的引物设计，用于‌PCR扩增，它代表编码单个氨基酸所有不同碱基序列可能性的混合物。简并引物的设计基于密码子的简并性，即一个氨基酸可以由多种不同的核苷酸序列编码。简并引物中包含不同的碱基组成，但碱基的数量相同。简并引物中使用的字母包括R、Y、M、K、S、W、H、B、V、D、N等，这些字母代表不同的碱基组合，如R=A/G, Y=C/T, M=A/C, K=G/T, S=C/G, W=A/T, H=A/C/T, B=C/G/T, V=A/C/G, D=A/G/T, N=A/C/G/T等。‌简并引物的设计需要考虑密码子的简并性，尽量选择简并性小的氨基酸，并避免引物3’末端的简并。通过参考密码子使用表，根据不同生物的碱基使用偏好，可以减少简并性，从而提高PCR产物的特异性。简并引物的设计方法包括利用‌NCBI搜索不同物种中同一目的基因的氨基酸序列，进行多序列比对，确定保守区域，并使用专业软件如Primer 5.0或‌pp5进行设计。‌简并引物的应用包括从已知蛋白到相关核酸分子的研究，以及用一组引物扩增一类分子。在设计简并引物时，需要注意选择简并度低的氨基酸区域为引物设计区，注意物种对密码子的偏好性，避免在引物的3’端使用简并碱基，并在可能的情况下使用次黄嘌呤（dI）代替简并碱基。‌